很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（STORAGE）”。在这支部队中有一位热血青年——夏川遥辉。宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和遥辉相遇了，自此两位热血青年的战斗故事开始了。