倾注于天文研究的兜甲儿自海外归国，为此而来到宇宙科学研究所参与见习，并且结识茂才特立的所长之子宇门大介。伴随着曾出不穷的不明飞行物体出现，月亮在夜晚中产生被染成红色的异象，存心积虑征服统治宇宙的“贝嘉星连合军”（ベガ星連合軍），开始要将魔爪伸往地球再掀新的战端，以月球背面作为据点举军‘飞碟兽’（円盤獣）侵略。有着一段不为人知的惨痛过去的大介，为了不让所热爱的第二故乡重蹈覆辙，毅然地再度挺身而出驾驶克雷飞天神（グレンダイザー），恢复“狄克·弗瑞德（デューク・フリード）”之名誓死赌上自身性命，与甲儿一同保护这片绿意盎然的大地。